Në kuadër të FIN-së ekzistojnë Departament të cilat korrespondojnë me fushat e studimeve përkatëse me programe studimore të veçanta të nivelit Bachelor dhe Master shkencor. Departament e FIN-së, janë Departamentet:

            Konstruksioneve,

            Hidroteknikës,

            Gjeodezisë, dhe

            Inxhinierisë së Ambientit

Funksionimi i departamenteve, nënkupton përfshirjen e përgjithshme të stafit akademik të Fakultetit në organizimin e çështjeve akademike sikur janë mësimdhënia, kërkimet shkencore dhe çështjet e studentëve si dhe vendimmarrja deri te Këshilli i Fakultetit. Për kompetencat e FN nga UP-ja vendimet merren në Këshillin e Fakultetit përkatësisht Dekani i Fakultetit.

Departamenti udhëhiqet nga shefi i departamentit i zgjedhur nga këshilli i Fakultetit. Anëtarët e Departamentit janë të gjithë stafi akademik i angazhuar në mësimdhënie në programet e studimeve përkatëse të departamentit. Departamenti takohet në bazë të rregullt kohore në çdo muaj si dhe sipas kërkesave të dala edhe më shumë se një takim në muaj.