Për funksionimin e menaxhimit të Fakultetit të Inxhinierisë së Ndërtimit njësia jonë akademike ka dy prodekanë, sipas zgjedhjeve njëri ka të përcaktuar detyrën e çështjeve mësimore dhe studentëve dhe tjetri çështjet e financave dhe infrastrukturës.

Prodekanët e Fakultetit të Inxhinierisë së Ndërtimit janë pjesë e menaxhmentit dhe ndihmojnë Dekanin për çështje specifike të fushave mësimore, studentëve, financave, infrastrukturës dhe të tjera. Detyrat dhe përgjegjësitë e tyre përcaktohen nga Dekani.